Sau những chiến thắng đầu tiên, Đội Việt Nam Tuyên truyền Giải phóng quân nhanh chóng phát triển thành cấp đại đội, nhiều đại đội. Bài hát "Phất cờ nam tiến" được sử dụng để tuyên truyền cổ vũ các đội vũ trang tiến về phía nam hỗ trợ giành chính quyền[3]. Bài hát nhanh chóng được phổ biến lan rộng, nhất là sau khi các chi đội Việt Nam Giải phóng quân tiến về Hà Nội sau khi Cách mạng Tháng Tám thành công.

Sau khi người Pháp nổ súng tái chiếm Nam Bộ, một phong trào tình nguyện vào Nam chiến đấu gọi là Phong trào Nam tiến được phát động để chi viện nhân lực và vũ khí cho miền Nam. Bài hát một lần nữa được xem như là nhạc hiệu của phong trào, đến nỗi nhiều người không biết nguồn gốc của nó là từ đội Việt Nam Tuyên truyền Giải phóng quân.[4]

Từ 1960-1975, bài hát được sử dụng làm nhạc hiệu của Đài phát thanh Quân đội Nhân dân Việt Nam. Bấy giờ, phối khí cho bài hát là Nghệ sĩ Nhân dân Đinh Ngọc Liên và Nghệ sĩ Nhân dân Trung Kiên đảm nhận phần trình bày.